中間的四個字是校訓，承載它的是一本書，那就是聖經。培正是奉基督耶穌聖名而創立，所以要立在基督磐石上。
紅 色的圓盤代表太陽，代表火熱的心，同時每個方向有七道光芒指向四方。七在聖經上意味著完全和美好，那就是叫我們在世上像耶穌發美好的光。而聖經與太陽同軌，示聖經之傳遍天下，如同太陽之普照大地。
圍著光芒的正方形，代表我們做事要有規範和原則或抱負，不能任意而行。而四條線亦可喻德智、體、群四育。晚近有於四育之外，復加美、靈二育為標榜，不知靈育己括於四育之中，而美育則具於四育之內矣。四線等長相連者，示四育並重，無所軒輊。
藍色加上四顆星星代表無垠的宇宙或天空，喻我們要放開懷抱，目光要遠大，並要像星星般無論晝夜，風雨晦暝，皆能自發光耀於長空；四星各列於正方形四線每線邊緣，示培正校員生既愛基督寶訓陶冶，四育當必平均發展，無一不光華燦爛，燭照人群，不論環境順逆，險夷一節。
再向外面是１８８９，中文校名和外文校名，循圈而列，示培正之事業，與乎四育之造詣，皆應完善至正。１８８９是本校創辦年份，現時廣東南部共有八所培正同名的肢體，校徽的形狀大致相同，分別就在名稱。香港的冠上香港，廣州的冠上廣州，中學附以中學，小學附以小學，如此類推。外文的名稱像香港用英文拼出廣州音，廣州則拼出普通話音，而澳門則用葡文拼音。
最外的紅色圓圈，則代表做人處事的原則，要弄好人際關係，要圓滑對人；知所應對，不可以稜角太多。連合內裏的正方形，表示外圓內方，正是做人的最高境界，叫我們既要圓滑對人，但又不可隨波逐流，任意放棄原則，也可示完善無缺校壽無疆。
五十多年前，校徽只是底色為藍色，圖案及字體為紅色，至劉光昇先生任宗教主任，為同學日準備，擬於禮堂講台上懸掛大校旗乙幅，但鑒於沿用校旗、校徽只有紅藍兩色，故請在本校小學部任教美術的梅剛強學長在顏色上多加思考，形成現時之圖樣，可讓圖案及未體更為明顯；而在色感上且有明快的感覺。